宇宙战舰大和号2199

• 第1话 伊斯坎达尔的使者

西暦2199年。ガミラスとの戦いに敗れ滅びゆく地球人類。国連宇宙軍最後の艦隊が冥王星沖にてガミラスと交戦する最中、火星に謎の宇宙船が不時着する。

• 第2话 我们的征途是星辰大海

赤く干上がった大地に静かに眠る沈没戦艦。それは人類が秘かに建造した恒星間宇宙船であった。その船の名はヤマト。そして、ヤマトに与えられた使命は、16万8000光年の彼方、惑星イスカンダルへの大航海だった。

• 第3话 脱离木星圈

火星軌道から木星圏へワープシステムのテストをする宇宙戦艦ヤマト。エンジントラブルに見舞われたヤマトは木星に浮遊する謎の大陸に着地し修理を行うが、ガミラスの襲撃を受けてしまう。苦戦する中、遂に沖田は新兵器・波動砲の使用を決意する。

• 第4话 冰原上的墓碑

国連宇宙軍の救難信号を受信したヤマトは土星の衛星エンケラドゥスへ降下し、救難活動を行うことを決める。しかしガミラス偵察揚陸艦の強襲を受けてしまった。戦いの中、古代はエンケラドゥスの氷原で凍結した難破艦を発見。衝撃の事実を知る。

• 第5话 没有死角的陷阱

地球を壊滅させた遊星爆弾の発射基地がある冥王星。沖田はこの基地を叩く決意をし攻撃を開始。ヤマトは航空隊との連携した作戦を立案するが、逆に反射衛星砲からのロングレンジ攻撃を受け損傷してしまう。コントロールを失ったヤマトは冥王星の海へと降下する。

• 第6话 冥王的落日

冥王星の海に沈むヤマト。敵基地探索を続けるヤマト航空隊。古代は冥王星を彩るオーロラの中から敵機が出現することに気づく。反射衛星砲の攻撃をかいくぐり、いま、ヤマトの反撃が始まる。

• 第7话 告别太阳系

ヤマトは太陽圏と恒星間空間の境界＜ヘリオポーズ＞を通過しようとしていた。艦内ではクルーたちが家族との通信を許可され、それぞれ別れを告げる。お祭りムードの中、ガミラスとの戦いで家族全員を失った古代は所在無い思いを味わっていた。そして、それは彼1人ではなかった。

• 第8话 向星星许愿

ガミラスの帝都バレラスでは総統デスラーが自ら立てた作戦でヤマト撃沈の様子を中継し、閣僚たちにその力を誇示しようと目論む。デスラーの作戦によりガス生命体と灼熱の恒星グリーゼ581のフレアに挟まれ絶体絶命のピンチに陥るヤマトだった。

• 第9话 悬挂在时钟上的俘虏

捕獲したガミラスの機械化兵・オルタを分析し、ガミラスの情報を引き出す任務につくAU09（アナライザー）。二つの機械に友情に似た関係が生まれる。不可解な行動をとり始めたオルタを保安部長の伊東は破壊しようとする。

• 第10话 大宇宙墓场

異次元断層へとはまり込んでしまったヤマト。そこは難破した異星の船が無数に浮かぶ大宇宙の墓場だった。そんな中、同様に漂流していたガミラス艦がヤマトに交信を求めてきた。この空間を脱出するためには、互いの協力が必要だという。