琉璃的宝石

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痴迷闪亮之物的女高中生谷川瑠璃，对一枚水晶吊坠一见倾心。“我也能自己找到！”她当即进山，偶遇专攻矿物学的研究生荒砥凪，两人结伴开启矿物采集之旅。被自然伟力震撼的瑠璃沉醉其中，为寻找石榴石与凪一同前往河滩。

琉璃与凪一起来到山中拾金。当琉璃看到岩石的剖面泛着金光时兴奋不已，但凪却告诉她那并不是金，而是黄铁矿，这让她顿时泄了气。然而，当她发现了一块形状特殊的黄铁矿后，开始思考起“非金钱价值”的意义。随后两人前往河边采集砂金，但突如其来的大雨让他们面临采集中止的危机……

凪为了让瑠璃看有关黄铁矿的论文，把瑠璃叫到大学的研究室。瑠璃在那第一次遇见跟凪一样就读矿物研究所的伊万里。瑠璃在帮忙扫除时找到标示神秘矿山的旧地图，兴奋地大叫到“感觉好像会有宝藏耶！”于是三人以地图为线索前往矿山，在那里发现……？

在大学实验室的显微镜下，瑠璃与凪一同从河里采集的砂中寻找蓝宝石。那天只找到了一粒小小的蓝宝石碎片，因此两人决定日后再挑战一次。当瑠璃提出“现在可不是收集这种碎片的时候”，打算直接上山寻找蓝宝石时，凪则劝她，调查河砂才是找到真正产地的最短路径。为了找出蓝宝石真正的产地，两人持续进行着河砂的调查。

研究中的凪和伊万里向瑠璃提议休息。当凪说“要去海边吗？”时，三人决定去海边捡玛瑙。看到凪和伊万里顺利找到玛瑙，瑠璃感到有些懊恼，但在稍远的地方发现了多个玛瑙。之后，瑠璃向凪询问研究石头的理由。

将蓝宝石的产地范围缩小后，瑠璃与凪、伊万里一起前往山中。然而，想要调查的地点堆满了枯叶，于是她们决定改为调查川砂。之后，在大学实验室分析川砂的瑠璃意识到，自己的笔记记录可能有误，便再次确认。结果发现，有一个地方漏记了。

瑠璃的同班同学濑户从小就喜欢石头。但因无人理解而受到打击，自此封闭了心扉。另一方面，考试结束后与同学一同去海边游玩的瑠璃，在海中发现了一块漂亮的石头。带回研究室后才得知，那并不是石头，而是海玻璃。伊万里提议再次去寻找，濑户也顺势加入了采集的行列。

瑠璃决定和濑户一起做暑假的自由研究。濑户在河边发现了一块橙色的矿物，却因为脚下一滑把矿物弄丢了。瑠璃找凪商量之后，决定山林协助伊万里进行萤石的调查。调查内容是通过水质来追溯产地。最后，濑户丢失的那块石头也用同样的方法找到了。

琉璃和凪一起去采集蛋白石，但发现矿脉早就被挖空。濑户听说之后，为没能参加蛋白石采集而感到难过，琉璃便向她提议一起去淘砂金。她本来认为大雨后能采到许多砂金，想不到竟找到砂金以外的许多矿物而感到疑惑。问过凪才知道，原来暴雨说不定造成新产地出现，一行人便决定前往调查。

伊万里带着琉璃和濑户来到矿山，三人在依循地图找到通往矿山的废弃铁路找到锰矿石。之后抵达隧道却发现天花板崩塌没办法通过。三人觉得无法按计划前往矿山遗迹，便决定改为寻找以前蒸汽火车可能沿线掉落的矿石。